1996年10月，市委、市政府以钦市发[1996]61号文件联合发文印发《钦州港经济开发区管理暂行办法》，该管理办法对开发区管理体制、机构设置、职权范围、优惠政策等作了一系列较为详细的规定，定位工委、管委为正县级派出机构，代管港务局，下设为一办九局（今年5月调整为一办十二局），赋予工委、管委在计划、规划、建设、土地、外资、劳动人事、计生、治安等相当于市一级的管理权限，精简了办事程序和手续，建立一级财政，五年财政自收自支。 开发区工委、管委对所属一办十二局实行统一领导与管理。向上对应衔接市直相关部门，对外行使党委、政府的职能，对下行使全部管理职权，其机构设置职能分工如下：

　　一、工委、管委办公室：对应市委、市政府办公室和市委宣传部、市口岸办。负责文秘、办文办会、接待、来信来访、信息、督查、机关后勤、内保、对外宣传及口岸工作。

　　二、人事劳动局（工委组织部）：对应市纪检、监察、组织、统战、人事、劳动及工会、共青团、妇联等人民团体。负责党的组织建设、人才引进、招聘、工资福利、纪检监察、群团组织等工作。

　　三、经济发展局：对应市计划、经贸、商贸、外贸、交通、物价、统计、技监、旅游等部门。负责制订社会及经济发展计划、按市级权限审批开发区内固定资产投资、技术改造项目建议书、可行性研究报告及下达基建计划，审批三资企业及"三来一补"可行性报告、合同、章程，管理开发区交通运输、工业、商贸、流通、旅游、外贸和糖酒类行业等经济行业，并进行物价、统计等职能管理。

　　四、社会工作局：对应市农业、林业、畜牧、水利、乡镇企业、科技、教育、文化、体育、卫生、计划、民政、武装、扶贫等部门。管理开发区的农业和农村工作以及科教文卫等社会事业。

　　五、规划建设局：对应市规划、建设、环保等部门。负责按市级管理权限核发《建设用地选址意见书》、《建设用地规划许可证》、建设工程规划许可证》、《建设工程施工许可证》，管理开发区工程项目，进行工程质量监督；管理开发区房产开发及房产市场，管理基础设施和市政公开设施。

　　六、土地管理局：对应市土地、海洋、矿产等部门。负责管理开发区土地、海域利用，代发《建设用地批准书》、《国有土地使用证》和《海域使用证》。 七、财政局：对应市财政局、国有资产管理局。负责开发区的财政预算、决算的编制，以及行政机关单位人员工资的开支管理，负责开发区国有资产及预算外资金管理。

八、招商局：负责开发区招商引资的项目宣传、策划、洽谈、项目建设跟踪服务管理等工作。

九、公安分局：对应市公安局、国家安全局。负责管理开发区常住人口、暂住人口，治安管理，维持开发区社会稳定。

十、工商分局：对应市工商局。负责开发区各类企业和个体工商户的注册、登记、发照、年检；进行市场管理、商标管理、公平交易和广告管理工作，审批广告经营业务，核发《广告经营许可证》。 十一、地税分局、国税分局：分别对应市地税局、国税局。根据分管税种对在开发区内注册登记的企业进行税收征管，并按各项有关优惠政策，审批办理开发区内企业、个人的税收业务。

十二、钦州港务局：管理港政、港务、航务，负责码头生产、商务、调度、供水、供电、引水、引航、外代、外理、外供等业务。